Zonlicht is één van de essentiële onderdelen voor fotosynthese. Als licht van de zon is geabsorbeerd door een chlorofylmolecuul, dan wijzigt de elektronische configuratie van het molecuul voor een korte periode door overdracht van een elektron. Op deze manier kan een boom energie uit licht absorberen. Het effect op chlorofyl kan worden veroorzaakt door fotochemische en niet-fotochemische processen. Fotosynthese is een fotochemisch proces, terwijl het vrijkomen van warmte en fluorescentie niet-fotochemische processen zijn. Tijdens het proces van fotosynthese zijn twee afzonderlijke fotosystemen in werking met verschillende groepen pigmenten. Deze groepen zijn bekend als fotosysteem I en II, in vaktermen PSI en PSII. Fotosysteem II is daarbij het belangrijkste en zorgt voor ten minste 95% van het chlorofylfluorescentiesignaal. Stressfactoren als hitte, kou, droogte, gewasbeschermingsmiddelen, tekorten aan nutriënten, luchtvervuiling etc. kunnen deze processen beïnvloeden. Verandering in de mate van fluorescentie geeft belangrijke informatie over de efficiëntie waarmee zonlicht kan worden gebruikt voor de boom. Het meten van chlorofylfluorescentie geeft dus een indicatie van de conditie van de boom.